En 2013, à la suite de la dernière grnade guerre, la majeur partie de la surface habitable a disparu et, de ce fait, les armements militaires furent interdits. Ce fut le taité de Babylone qui organisa une seule entité indépendante pour gouverner sur les six régions restantes. On suit donc Shion, qui habite dans une de ces régions très contrôlées et hiérarchisées, appelée No.6. Ce dernier feit partit de la future élite de la ville et suit un enseignement spécial depuis l'âge de deux ans. Une nuit, il sauve un garçon surnommé Nezumi, qui a échappé à la police de sécurité. À partir de ce moment là, la vie de Shion prend un tournant radical et ne sera plus jamais la même.

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Saki Morimi, une étudiante japonaise, est partie seule de son côté lors d’un voyage scolaire dans le but de visiter Washington. Rendue en face de la Maison-Blanche, elle tente de jeter une pièce dans la fontaine du bâtiment politique. Elle se loupe, mais les deux agents de police qui étaient sur les lieux ont vite fait de la remarquer. Les ennuis commencent… Lorsqu’un individu surgit tel un prince à la rescousse de la jeune fille. Cependant, cet homme, Akira Takizawa, est très étrange : en plus d’être totalement nu, il n’a pour effets personnels qu’un pistolet et un téléphone mobile, sur lequel un étrange message l’informe qu’après le lancement d’un missile sur le Japon, la somme de 8,2 milliards de yens lui est versée. Si ce n’était que ça… Akira se rend vite compte qu’il a perdu la mémoire et qu’il est en réalité un terroriste. Saki, qui ignore tout de son identité, va quand même le suivre…

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